未經CNAS認可的企業內部實驗室、高校和科研院所實驗室，沒有按照先進的、國際通行的實驗室管理標準（ISO/IEC 17025）進行運作。往往針對隨機發生的各種問題制定零散的管理文件，不能形成全面、系統、一致和有效的管理體系，給實驗室運作造成很多困難和隱患，包括：管理滯后、粗獷，不能有效預防各種風險；人員培訓不能滿足實驗需要；實驗方法和技術落后，不能與社會先進技術接軌；實驗能力不能得到長期保持；實驗環境不滿足實驗要求，無法達到國家或行業標準；實驗設備狀態不能有效控制，使用率較低，資源浪費；實驗數據的有效性存疑，無法給科研提供可靠支撐等。
部分經過認證或認可的實驗室，由于對認證或認可要求認識不足，加上運作中存在的種種問題，管理體系的符合性不能得到保持，甚至管理體系的有效性不能得到保證，造成管理混亂，運作成本增加，甚至所出檢測報告存在重大隱患。